Parafia św. Brata Alberta w Zamościu erygowana została 22 grudnia 1994 r., przez Bpa zamojsko-lubaczowskiego Jana Śrutwę.
Wydzielono ją z parafii: św. Michała Archanioła w Zamościu i św. Bartłomieja Apostoła w Sitańcu. W 1995 roku poświęcono plac pod budowę kościoła, 25 grudnia 1996 r. Bp zamojsko-lubaczowski Jan Śrutwa poświęcił kaplicę. Dzięki zaangażowaniu pierwszego proboszcza parafii śp. Księdza Jana Borowskiego został wybudowany monumentalny kościół parafialny. 24.12.2012 roku pierwszy raz w nowym kościele była sprawowana Msza Święta pod przewodnictwem Księdza Biskupa Mariana Rojka.
Od tego momentu, dzięki ciągłemu postępowi w pracach wewnątrz kościoła wierni coraz częściej z niego korzystali. Święta Paschalne i Narodzenia Pańskiego wspólnota parafii św. Brata Alberta przeżywała właśnie w kościele parafialnym. W roku 2015 przystosowane i oddane do użytku dla Szkoły Katolickiej im. św. Ojca Pio zostało zaplecze duszpasterskie. Uczniowie czterech klas szkoły podstawowej zainaugurowali naukę we wrześniu 2015 roku. 16 stycznia 2016 roku zmarł Ksiądz Jan Borowski – budowniczy i pierwszy proboszcz parafii.
Na Jego pogrzebie kościół parafialny w całości wypełniony był przez kapłanów i wiernych ze wszystkich parafii w których posługiwał. Został pochowany na cmentarzu w Zamościu przy ul. Peowiaków. Zostanie On w pamięci parafian, jako ten, który wedle słów św. Brata Alberta był dobry jak chleb.
W lutym 2016 roku Ksiądz Biskup Marian Rojek mianował na urząd proboszcza Księdza Miłosława Żura. Nowy proboszcz dzięki zaufaniu, zaangażowaniu, pomocy i otwartości wiernych kontynuuje prace przy wykończeniu kościoła parafialnego.